System innowacji jest definiowany jako infrastruktura instytucjonalna, wspierająca wydajność gospodarki zarówno na poziomie narodowym, jak i regionalnym. Infrastruktura takiego systemu obejmuje dwa podsystemy. Funkcjonowanie pierwszego z nich – określanego mianem struktury produkcyjnej – polega na komercyjnym wykorzystywaniu wiedzy przez przedsiębiorstwa. Z kolei podstawową zdolnością drugiego podsystemu, obejmującego infrastrukturę wspierającą w postaci uniwersytetów i centrów badawczych lub badawczo-rozwojowych, jest wytwarzanie wiedzy. Całościowy system innowacji jest w ten sposób ukierunkowany na przetwarzanie zasobów wiedzowych dostarczanych przez ośrodki badawcze w celu generowania i wdrażania innowacji produktowych, procesowych, marketingowych oraz organizacyjnych.
Z tego względu, że podsystem produkcji wiedzy wspiera innowacyjną działalność przedsiębiorstw, należy uznać, że systemy innowacji są zogniskowane wokół firm. Głównym procesem, na którym opiera się wewnętrzna dynamika systemu, jest ciągła interakcja (wymiana wiedzy) między tymi dwoma podsystemami. Interakcję tę parametryzuje się w kategoriach popytu i podaży wiedzy. Koncepcję systemów innowacji zaproponował pod koniec lat 80-tych duński ekonomista B.-Å. Lundvall. Jego podejście koncentrowało się na gospodarkach narodowych i w takiej postaci było z powodzeniem wykorzystywane przez OECD w zakresie badań nad innowacyjnością i tworzenia rekomendacji dla krajowych polityk wsparcia gospodarki opartej na wiedzy.
Mniej więcej od połowy lat 90-tych równolegle do koncepcji NIS (National Innovation System) w żargonie polityk proinnowacyjnych pojawia się RIS (Regional Innovation System).
W przypadku regionalnych systemów innowacji chodzi o jeszcze bardziej efektywną realizację rządowych polityk wspierania innowacyjnej gospodarki, co możliwe ma być dzięki bardziej precyzyjnej – bo realizowanej w skali regionu – alokacji wsparcia finansowego. Rozwijanie programów regionalnych klastrów przemysłowych czy regionalnych inteligentnych specjalizacji jest tego konsekwencją.